江戸に幕府が開かれ多くの人々が移り住んできたとき、浄土宗の高僧霊厳上人が広く説法教化をした。幕府より隅田川沿いの湿地を埋め立てて寺を建立することを許されたが、難工事を強いられていた。その頃近江三井寺の不動堂住職期妙の夢の中に本尊の不動尊像が現れ「手助けをしたいので江戸に連れて行くように」とお告げがあった。霊巌時の工事の中、お堂を建てて安置したところ、工事も順調に進み、後に不動寺に安置され上人から『出世不動』と命名された。１６５３年この地に移転、関東大震災後、長専院と合併し、以来「深川の出世不動」として広く信仰を集め親しまれている。